Mikrobiom nennt man ein Ökosystem, in dem sich Viren, Bakterien und Pilze tummeln und bezeichnet in weitem Sinne die Gesamtheit aller den Menschen oder andere Lebewesen besiedelnden Mikroorganismen. Die meisten Zellen, die im menschlichen Organismus vorkommen, sind keine Zellen eines Vielzellers (wie der Mensch z.B. einer ist), sondern mikrobielle Zellen von Einzellern. Ein erwachsener Mensch wird von etwa 100 Billion (das ist eine Zehn mit 14 Nullen dran!) Bakterien besiedelt, wobei die meisten davon im Magen-Darm-Trakt leben. Sie bilden – als Gemeinschaften verschiedener Einzeller – gewissermaßen den Biofilm: Im Darm bildet die Gemeinschaft der Bakterien die Darmflora; aber auch alle Mikroorganismen, die generell auf unserer Haut oder Schleimhaut leben (z.B. Mundhöhle, Nasen-Rachen-Raum, Genitalorgane), bilden entsprechend ihrer Lebensregion die dortige Mikroflora. Das Mikrobiom steht in Verbindung mit dem →Immunsystem.
Die Besiedlungen mit Mikroorganismen erfüllen sehr oft den Charakter von wechselseitig abhängigen Beziehungen, die sich im Laufe der evolutionären Anpassung zwischen dem Wirt (z.B. dem Menschen) und dessen Mikroflora entwickelt haben. Voraussetzungen sind dabei komplexe und vielschichtige Stoffwechselprozesse, die sich auf regulatorischen sowie molekulargenetischen Ebenen abbilden und finden innerhalb einer einzelnen Zelle als auch zwischen verschiedenen Zellen statt.
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